En associant usagers, agents de terrain, managers territoriaux et élus locaux, les pratiques collaboratives engagées par les collectivités permettent d’adapter les services de proximité aux évolutions sociétales, dans le respect des contraintes budgétaires et du bien-être au travail des agents territoriaux. L’élaboration collective des politiques publiques peut parfois se heurter à des écueils qui mettent en évidence les limites des initiatives de co-construction. Premier écueil pointé par les auteures de l’étude : la lenteur des processus associant tous les acteurs de l’action territoriale. Si le travail collaboratif de réflexion, d’élaboration et de mise en œuvre des politiques publiques offre de plus grandes garanties en matière d’acceptabilité des décisions, il est, en effet, incontestablement plus long qu’une simple concertation organisée dans le cadre d’un projet porté par l’administration.

L’étude de l’OST souligne, en outre, une autre difficulté liée au niveau d’implication des élus locaux et des décideurs territoriaux. Faute d’engagement suffisant de leur part, ces expérimentations peuvent être source de désillusion pour l’usager ou un facteur de déstabilisation pour l’organisation toute entière. « Le baromètre de satisfaction construit en 2005 pour chacun des services est à la fois un outil managérial vis-à-vis des agents et un outil de communication vis-à-vis de la population, témoigne Pascal Fortoul, directeur général des services de la communauté d'agglomération du Pays voironnais (Isère). Il nous permet de concilier la vision consumériste des usagers et la vision technique des services. La non appropriation de ce formidable outil de pilotage des politiques publiques par les élus demeure un mystère mais ce n'est pas un drame ! »

Les coûts humains et financiers engendrés par les démarches de co-construction peuvent également constituer des écueils supplémentaires. Ainsi, la communauté d’agglomération du Pays voironnais a investi entre 5 et 7 000 euros pour construire le baromètre de satisfaction de chaque service. Elle dépense également chaque année ou tous les deux ans entre 3 et 4 000 euros pour financer l’enquête réalisée auprès des usagers de l’intercommunalité.

Dans le cas du projet la Transfo (programme de recherche-action s’appuyant sur les usagers pour préfigurer un laboratoire dédié à la transformation de l’action publique), la commune partenaire de l’association la 27e Région doit mobiliser 165 000 euros. Un coût auquel il convient d’ajouter pour chaque commune la mobilisation d’une vingtaine d’agents trois jours par mois pendant 16 mois, ce qui impacte sensiblement le fonctionnement des services de la collectivité.

Dernier écueil : la faible diffusion des démarches. Les auteures du cahier n°22 de l'OST estiment que « la principale difficulté des expérimentations est d’arriver à les faire infuser au sein de l’administration » et que le risque est de créer de simples "îlots participatifs" dans les collectivités territoriales. Ainsi, moins de la moitié des Transfo ont abouti à l’instauration d’un laboratoire pérenne, parfois pour des raisons liées à la fusion de régions. Dans le cas de la région Champagne-Ardenne, le laboratoire n'a pas été institutionnalisé par la région Grand Est.